Οι βασικοί κατάλογοι του ριζικού καταλόγου που μας ενδιαφέρουν είναι κυρίως οι:
| Κατάλογος | Περιγραφή |
| / | Ο ριζικός κατάλογος του συστήματος. Όλοι οι υπόλοιποι είναι υποφάκελοί του. |
| /home/* | Οι προσωπικοί κατάλογοι όλων των χρηστών, εκτός του υπερχρήστη. |
| /root | Ο προσωπικός κατάλογος του υπερχρήστη. |
| /etc | Εδώ βρίσκονται οι βασικές ρυθμίσεις του συστήματος και των διαφόρων services που τρέχουν σε αυτό (πχ webserver, mailserver κτλ). |
| /dev | Περιέχει ειδικά αρχεία που αντιστοιχούν στις συσκευές του υπολογιστή. Εδώ συνήθως μας ενδιαφέρουν τα αρχεία “/dev/sda” (ο πρώτος σκληρός δίσκος), “/dev/sdb” (ο δεύτερος), κλπ. |
| /bin | τα απολύτως βασικά προγράμματα που χρειάζεται κανείς για να επικοινωνήσει με την linux συσκευή του, βρίσκονται εδώ μέσα, όπως οι εντολές “pwd” και “cd”. |
| /sbin | Περιέχει τα υπόλοιπα προγράμματα του συστήματος. |
| /usr | Περιέχει τις βιβλιοθήκες του συστήματος. |
| /var | Εδώ αποθηκεύονται οι καταγραφές των αρχείων log. |
| /boot | Περιέχει απαραίτητα αρχεία για την εκκίνηση του συστήματος. |
| /mnt και /media | Εδώ προσαρτώνται οι συσκευές με την εντολή “mount”. |
| /tmp | Εδώ αποθηκεύονται τα προσωρινά αρχεία. |
| /opt | Εδώ αποθηκεύονται τα επιπρόσθετα προγραμμάτων (add-ons) ή και προγράμματα που αποφάσισε να εγκαταστήσει χειροκίνητα ο χρήστης. |
| i | Ένας απλός χρήστης δεν έχει τα δικαιώματα να περιηγείται σε όλους τους καταλόγους ή να επεξεργάζεται όλα τα αρχεία, για λόγους ασφαλείας. Συνήθως παραμένει μόνο στον προσωπικό του κατάλογο. Οτιδήποτε κάνει έξω από αυτόν τον κατάλογο καλό θα ήταν να ξέρει καλά τι κάνει, καθώς επεμβαίνει σε σημαντικά κομμάτια του συστήματος. |
| ! | Τέτοιου είδους ενέργειες χρειάζονται πολλές φορές να εκτελεστούν με δικαιώματα υπερχρήστη, μέσω της εντολής “sudo“. |